Le premier monastère fut édifié par Colomban en 614, autour de la vieille église Saint-Pierre, qui s’érigeait sur le site où se trouve aujourd’hui le château Malaspina. Sa structure était fort simple, sur le modèle des monastères irlandais: cabanes en bois autour d’une église, entourées par une palissade.

Dans les siècles qui suivirent la mort de Colomban, le monastère accrut son influence religieuse, culturelle et sociale, jusqu’à devenir un des centres monastiques les plus importants d’Europe, une espèce de Montecassino de l’Italie du Nord; sans tenir compte de ses vastes propriétés qui s’étendaient de l’Émilie à la Toscane, la Ligure et jusqu’au lac de Garde, le monastère était surtout réputé pour la présence d’un scriptorium et d’une grande bibliothèque dont le catalogue, en 982, mentionnait plus de 700 codex, parmi lesquels quelques-uns des manuscrits les plus anciens de la littérature latine existants au monde.

Malgré la puissance et les richesses de leur monastère, les moines, soumis à la règle de saint Colomban menaient une existence au style austère, pratiquant le jeûne, la prière, l’étude et le travail quotidiens.

À la fin du XIème Siècle, pour héberger les moines et les pèlerins qui arrivaient de toute l’Europe en nombre toujours plus croissant, il fut nécessaire de construire un plus grand monastère. Les travaux furent effectués sous la direction de l’abbé Agilulf, qui décida de transférer le monastère sur les lieux où il se trouve encore aujourd’hui. Le monastère était complètement autonome et doté de nombreux services: hôtellerie, moulins, ateliers, magasins, fours, étables, réfectoires, infirmerie, et jardin de plantes médicinales.

En 1449, quand les bénédictins succédèrent aux moines colombaniens, la basilique et le monastère subirent d’importants travaux de restructuration et d’agrandissement.

L’actuel complexe de l’abbaye remonte donc à la fin du XVème – début du XVIème Siècle: c’est seulement en partie que la structure de la vieille basilique proto-romane a été préservée, dont sont visibles encore un court fragment de l’abside circulaire, une partie du clocher et une portion du splendide pavé à mosaïque; du monastère, seule la zone du réfectoire s’est maintenue comme à l’origine, occupée aujourd’hui par le Musée de la Ville.

Durant l »époque napoléonienne, l’abbaye fut supprimée et grande partie de ses biens, y compris les précieux codex, furent mis aux enchères.

Ce qui subsiste de l’ancien patrimoine des manuscrits de Bobbio est conservé aujourd’hui dans plusieurs bibliothèques: l’Ambrosienne de Milan, la Vaticane, l’archive de Turin et d’autres.

L’abbaye constitue un ample complexe architectural mais seulement certaines de ses parties sont ouvertes au public: le corridor du rez de chaussée, le cloître, la basilique et les deux musées.